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病理科的科研工作起步较晚，1997年前，无各级课题;1998年以后开始协助兄弟科室进行一些病理学研究;2003年开始科室人员参与了其他单位的科研项目的研究;直到2006年，科室首次获得了上海市教委的研究课题;近几年来，科室坚持临床与科研工作并重的原则，先后获得国家自然科学基金、上海市科委和教委基金项目4项，协助完成其他研究项目多项。近五年注重对科室实验室的硬件设施和软件条件建设，科室研究方向为肿瘤的分子机制和诊断，共发表科研论文10余篇。
病理科中标科研项目
| 年度 | 项目来源 | 项目名称 | 经费 | 申请人 |
| 2006 | 上海市教委06CZ016 | 肝癌发生早期的染色体不稳定性及其分子机制 | 6万元 | 张树辉 |
| 2008 | 上海市科委08ZR1419600 | 肝癌发生过程中P27kip1-Cks1-Skp2通路的作用研究 | 10万元 | 张树辉 |
| 2008 | 上海市教委重点09ZZ123 | 肝癌发生过程中P27kip1-Cks1-Skp2通路作用研究 | 15万元 | 张树辉 |
| 国家自然 | 乙肝病毒X蛋白与PP2A相互作用参与肝癌信号转导的机制研究 | 28万元 | 张树辉 | |
| 科学基金81072020 |
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