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康复医学科自建科以来，先后中标国家级科研项目2项，分别为国家自然基金项目"推拿滚法操作动力学参数优化及行气活血效应机理研究"、"回医理筋手法对家兔骨骼肌损伤修复的动态效应及作用机制研究";省部级科研项目4项，分别为国家中医药管理局科研基金"静力推拿功法训练对β-内啡肽基因表达的影响"、上海市科委科研攻关项目"中风后遗症中西医结合康复方案的优化及推广研究"、"脑卒中二级预防研究-中西医结合提高脑卒中患者生活质量的研究";上海自然基金项目"推拿滚法行气活血及舒筋活络效应的动力学参数优化研究"; 局级科研项目9项，分别为上海市教育委员会科研项目"不同人群推拿滚法操作优化及舒筋活络效应机理研究"、"骨骼肌增龄性变化特征及手法干预机理研究"、上海市体育科技腾飞计划项目"推拿手法结合腰腹肌训练治疗腰部运动损伤的研究"、上海市卫生局科研项目"骨骼肌纤维‘阴阳'特性研究及推拿干预机理"、"推拿防治老年性骨骼肌衰弱的临床研究" 、"推拿摆动类手法动力学参数优化方案研究" 、上海市针灸推拿学重点学科建设项目"推拿滚法舒筋活络效应的操作规范化及作用机理研究"、 上海中医药大学科研项目"推拿防治老年性骨骼肌衰弱的研究"、上海市中医针灸推拿临床医学中心科研项目"健康人群部分肌群等张收缩的肌电活动研究"。此外还承担横向课题2项，分别为眼科生物红外理疗仪临床试验、DW800生物电反馈/刺激仪临床试验(上海世珈医疗设备有限责任公司)。
2007年，科室承担的"中医推拿防治老年骨骼肌减少症的试验与临床观察"获得上海市科技进步三等奖;"骨骼肌纤维‘阴阳'特性研究及推拿干预机理"等6项研究获上海市科技成果。2004年以来，科室发表论文50余篇，参编著作及教材7部。
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