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呼吸内科从建科起，即重视和鼓励各级医生开展科研工作，从建科初期没有一项课题，到目前先后承担局级课题3项，校级课题1项，院级课题4项，并发表文章数十篇。2003年科室参加"荆银颗粒"多中心临床研究，为防治非典积累了经验;参与"银翘片"治疗感冒(风热证)安全性和有效性的随机平行对照多中心临床研究;2005年：黄海茵医师承担《支扩感染方结合支气管灌洗治疗支气管扩张合并感染》，院级课题;科室与龙华医院合作进行上海市科委课题《COPD辨证临床调查》;参与上海市科委课题《热病防治网络》(清英颗粒治疗风热证感冒;连术颗粒治疗肠道湿热证泄泻;芪众颗粒预防时行感冒);参与完成了"双黄连分散片"的多中心临床研究;参与完成了"可乐比妥"多中心临床研究;参与完成了"良园枇杷叶膏"多中心临床研究;2008年：黄海茵医师，承担上海市卫生局中医药科研基金课题《支扩稳定方对支气管扩张症远期疗效的前瞻性研究》;汤杰医师，承担院级课题《穴位埋线治疗慢性阻塞性肺疾病稳定期的疗效观察》。
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